Puskesmas Mlati II dahulu adalah rumah sakit pembantu milik Rumah Sakit Petronella ( kini RS Bethesda) yang dibuka tahun 1929. Lokasi Puskesmas berada di dekat PG Cebongan yang dibangun tahu 1879 oleh keluarga Enger. Pada masa itu, untuk meluaskan jangkauan pelayanan, rumah-rumah sakit swasta biasanya membuka klinik atau rumah sakit pembantu di pelosok yang jauh dari rumah sakit pusat. Klinik atau rumah sakit pembantu tersebut biasanya dibangun di dekat titik pusat keramaian seperti pusat pemerintahan distrik atau emplasemen pabrik gula. Biaya pengelolaan rumah sakit pembantu ini dahulu tidak disubsidi oleh pemerintah kolonial. Karena krisis malaise, rumah sakit pembantu sempat ditutup tahun 1932, lalu kembali dibuka tahun 1935. Sesudah kemerdekaan, pengelolaan Puskemas Mlati II diserahkan kepada pemerintah.
